O Museu Nacional da Música possui uma das mais ricas coleções da Europa de instrumentos musicais (cerca de 1.000 na sua maioria de origem europeia) dos séculos XVI a XX, de tradição erudita e popular, alguns deles classificados como Tesouros Nacionais.

O Museu é particularmente notável pela quantidade e qualidade dos instrumentos manufaturador em Portugal, como o cravo de Joaquim José Antunes (1758), os violinos e violoncelos de Joaquim J. Galrão, as guitarras de D. J. Araújo e as flautas da família Haupt.

Pelo seu valor e raridade merecem ainda destaque outros instrumentos, como o cravo de Pascal Taskin construído em 1782 para o Rei D. Luís XVI de França, o piano (Boisselot & Fils) que Franz Liszt trouxe de França em 1845, o oboé de Eichentopf, os cornes ingleses de Grenser e de Grunman & Floth ou o violoncelo de António Stradivari que pertenceu e foi tocado pelo rei D. Luís.

Além de instrumentos, o Museu integra ainda vários espólios documentais e coleções fonográficas e iconográficas.